도매결제시스템은 결제금액, 결제시기, 결제방식 등에 따라 총액결제 시스템과 차액결제시스템으로 구분된다. 차액결제시스템은 금융기관 거래에 따른 은행 간 자금결제를 당일 거래 마감시간까지 보류하였다가 마감 후 은행 간 수취액과 지급액을 상계하고 그 차액만을 결제하는 시스템이다. 차액결제시스템은 참가자간 자금거래를 건별로 결제하는 총액결제시스템에 비해 결제건수와 금액을 대폭 축소함으로써, 참가자의 자금부담과 결제 비용을 경감시켜 준다는 점에서 효율적인 결제시스템으로 평가받고 있다. 그러나 거래발생 후 일정기간이 경과한 후 금융기관 간에 최종결제가 이루어짐에 따라 결제 리스크가 증가한다는 단점을 안고 있다. 대표적인 차액결제시스템으로는 미국의 CHIPS(Computers for the Homebound and Isolated Persons)가 있다.