기업의 위법행위에 대해 행정당국이 일도양단의 위법 판단을 하기 보다는 기업과 합의하여 시정방안을 마련하고 사건을 종결하는 제도이다. 공정거래법을 위반한 사업자가 소비자 피해구제 및 일반행위 중지에 대해 공정거래 당국과 합의하면 사건을 종결할 수 있는 제도로 미국 등에서 시행되고 있다. 이 제도가 도입되면 행정부는 조사비용 절감, 소비자는 신속한 피해구제, 사업자는 법적 소송에 따른 부담과 기업 이미지가 실추되는 부작용을 최소화할 수 있다. 경제법인공정거래법의 경우 일반 형사법과 달리 위법 판단이 어렵고 입증에 시간이 걸린다는 점에서 한층 실용적인 제도로 평가받는다. 우리나라에서는 지난 2006년 9월 정부가 기업환경개선대책을 발표하면서 동의명령제 도입 추진의사를 밝혔지만 법무부에서 형법체계와 상충된다는 이유로 반대해 도입이 무산된 바 있다. 시정방안이 합의될 경우 기업행위의 위법성에 대해서는 판단을 하지 않고 사건을 종결하게 된다. 또한 행정당국이 자의적으로 동의명령을 운용하는 것을 방지하기 위해 시정방안을 공개하고 일정기간 제3자의 의견제출 기회를 보장한다. 동의명령제가 도입될 경우 행정당국은 기업의 부담을 줄여 주면서 위법행위에 탄력적ㆍ효과적으로 대응할 수 있다는 장점이 있다. 기업의 입장에서도 소송을 제기하기보다는 사전에 합의가 가능하다는 점에서 선호하는 경향이 있다. 그러나 행정당국이 일방적으로 위법을 판단하고 시정명령을 부과할 수 있으며, 기업은 위법행위에 대해 효과적ㆍ탄력적 대응이 어렵다는 문제점이 있다. 미국, EU 등 선진국에서 독점금지법, 증권거래법 위반사건 등 상당 부분을 동의명령에 의해 처리하고 있다.